支线任务为玩家提供了丰富的探索内容和额外的挑战。这些任务不仅能够增强与宝可梦之间的羁绊，还能解锁隐藏区域和稀有宝可梦。古庙遗迹探索是游戏早期的重要支线，玩家需要解开各种谜题并战胜守护古庙的强大训练师，最终发现隐藏在深处的秘密。这一任务考验玩家的策略与智慧，完成后的奖励往往能为主角队伍带来显著提升。
深化与宝可梦羁绊的任务贯穿整个游戏进程，玩家需要通过巡游各大城市、与训练师交手以及寻找稀有宝可梦来强化队伍。这个过程中的每场战斗和交流都影响着最终挑战四天王的成败。守护珍稀宝可梦的任务则更具故事性，玩家需要保护特定宝可梦免受邪恶势力侵害，这类任务往往伴感人的剧情发展和强大的盟友加入。
寻找传说宝可梦的任务为后期游戏增添了神秘色彩，玩家会在特定节点触发这些探索任务。穿越重重难关才能见到传说中的宝可梦，成功捕获它们不仅是对实力的肯定，更能显著提升队伍战斗力。秘密基地建设任务则提供了创造性的玩法，玩家可以在各处寻找合适场地，用收集到的道具装饰和强化自己的专属空间。
华蓝市水系道馆挑战作为标志性支线，需要玩家灵活运用战术。道馆内设有多个平台，合理利用场地特性是取胜关键。电系或草系宝可梦在战斗中具有优势，但即使没有这些属性，通过技能搭配和道具使用同样能够获胜。这类道馆挑战任务往往能获得重要的技能机器和徽章。
七岛环游任务在游戏后期开放，包含修复机器、寻找宝石、探索迷宫等多样化内容。这些岛屿任务线相互关联，最终导向火箭队仓库的决战。完成任务后玩家可获得稀有道具和宝可梦蛋，其中波克比蛋的获取条件需要首位宝可梦亲密度达标。这些支线任务极大地扩展了游戏的可玩区域和时长。
