舰船的选择与搭配直接影响战斗效率和资源利用率。首先需明确舰船的功能定位，包括输出、防御、修复、防空和载机五种核心类型。完整的舰队应涵盖这些功能，并根据敌方配置动态调整。面对舰载机较多的敌人，需优先配备防空型战舰；若敌方以大型舰船为主，则需强化对舰火力。舰船的站位（前、中、后排）也需科学分配，防御型舰船应置于前排吸收伤害，中后排则部署高输出或支援型舰船。
舰船的个性化改装是提升战力的关键。每艘舰船的武器、装甲、动力等系统均可强化，但需根据定位分配技术点。输出型舰船优先强化主武器系统，如伤害、暴击和冷却缩减；防御型舰船则侧重护甲、能量抗性和生命值。动力系统虽影响移动速度，但性价比不高，通常在其他系统强化完成后才考虑。载机型舰船需优先升级机库相关系统，以提升舰载机性能。武器调校可通过消耗技术提升伤害，建议优先用于主力输出舰船。
中小型舰船在特定场景下能发挥战略价值。载机型驱逐舰如谷神星和AC721，凭借高速和锁定速度优势，可有效针对大型舰船；巡洋舰中的艾奥级和CAS066炮击型则凭借高单发伤害成为对抗战列舰的选择。需注意，部分舰船虽基础属性平庸，但子型号可能具备超模能力，如谷神星支援型被誉为第一奶船。蓝图获取后需全面评估子型号潜力，避免因固有认知错过优质舰船。
舰队编组需兼顾战术灵活性与资源效率。推荐将舰船分为主力队和高速输出队：主力队以高防御、慢速舰船为核心，承担正面推进；高速队则侧重包夹和骚扰，利用移动速度绕后攻击敌方中后排。维修船在后期作用有限，通常仅用于低强度战斗或NPC剿灭任务。资源有限的玩家可优先选择造价低、泛用性强的舰船，如FG300装甲型或ST59，通过数量弥补质量差距。
