运输系统是维持战争持续性的核心环节，而敌方的干扰始终是玩家需要应对的关键挑战。运输船、运输车和运输机等载具在执行任务时，常面临敌方侦察、伏击或直接攻击的威胁。游戏通过模拟真实战场环境，要求玩家在规划运输路线时综合考虑敌方动态、地形掩护和护航配置。若忽视这些因素，物资和兵力可能无法安全抵达前线，直接影响战局发展。
敌方干扰的主要形式包括海上封锁、空中截击和陆地伏击。运输船在航行过程中可能被敌方潜艇或战舰锁定，尤其在未设置护航舰队的情况下风险极高。运输车则容易遭受敌方装甲部队或游击单位的袭击，特别是在地形复杂的区域。运输机虽然速度快，但若飞行路线暴露在敌方防空火力范围内，同样会遭受战斗机拦截或地对空导弹打击。游戏机制会实时计算这些威胁，玩家需通过情报侦察提前规避高风险区域。
为降低干扰影响，游戏提供了多种防御策略。组建护航舰队是保护运输船的基础手段，搭配驱逐舰和反潜机可有效应对水下威胁。运输车队伍可通过分散行进、选择夜间运输或利用地形遮蔽来减少被发现的概率。运输机则依赖战斗机护航和电子干扰设备，同时需灵活调整飞行高度避开雷达监测。科技研发也能提升运输单位的生存能力，例如强化装甲或增加机动性。
情报与预警系统是反制敌方干扰的核心。玩家需优先建造雷达站和侦察机单位，实时监控敌方部队动向。游戏中的天气系统和战争迷雾机制进一步增加了情报的价值，例如恶劣天气可能暂时遮蔽敌方视野，为运输创造窗口期。与盟友共享情报或建立联合护航体系，能大幅提升运输效率。若敌方干扰过于频繁，也可采取佯攻战术吸引其注意力，为主力运输任务争取时间。
玩家需平衡资源分配，确保防御建设与运输需求同步发展。游戏中的历史战役模式会模拟著名后勤战例，例如盟军大西洋护航行动或苏联冬季运输线，这些内容为玩家提供了应对干扰的参考模板。通过持续优化运输链，玩家能在二战风云2中构建坚不可摧的后勤网络，为胜利奠定基础。
