玩家可以捕捉到多只传说中的神兽，包括急冻鸟、闪电鸟、火焰鸟、超梦等。这些神兽分布在关都地区的特定地点，需要满足一定条件才能遇到并捕捉。
急冻鸟位于双子岛的最深处，玩家需要携带会冲浪技能的宝可梦前往双子岛，并按照特定顺序推石头堵住瀑布，才能进入急冻鸟所洞穴。急冻鸟等级为50级，擅长冰系技能，建议使用火系或岩石系宝可梦削弱其血量后再进行捕捉。闪电鸟则出现在无人发电厂的深处，等级同样为50级，电系技能威力强大，地面系宝可梦对其有显著克制效果。火焰鸟栖息在火焰山的山顶，等级为50级，火系技能攻击力较高，水系或岩石系宝可梦是理想的对抗选择。
超梦是游戏中最强大的神兽之一，位于超梦山洞的最深处。玩家需要完成主线剧情并击败四大天王后才能进入该区域。超梦等级为70级，超能力系技能极具威胁，恶系或幽灵系宝可梦能有效抵抗其攻击。捕捉超梦前建议准备充足的高级球或大师球，并确保队伍中有能够承受其高伤害的宝可梦。梦幻则较为特殊，需要在红莲岛的建筑物内使用秘密钥匙进入特定楼层才能遇到，等级为30级，超能力系技能较为灵活，捕捉难度相对较低。
雷公、炎帝和水君是另一组需要特定条件才能遇到的神兽。玩家在初始选择小火龙、妙蛙种子或杰尼龟后，击败四大天王即可在关东地区的草丛中随机遇到其中一只。雷公为电系，炎帝为火系，水君为水系，等级均为50级。捕捉时需注意它们的属性弱点，并提前准备好相应的克制技能。洛奇亚和凤凰分别位于第八座彩虹岛的右下方和左上方，等级为70级，飞行系和火系技能组合使它们成为强力的战斗伙伴。
其他神兽如冰神柱、钢神柱和岩神柱分别出现在双子岛、无人发电厂和1号岛上方的草地中。吉拉奇位于幽灵塔顶楼，迪奥西斯则需在第九座彩虹岛完成拼图后出现。这些神兽等级在30至50级之间，属性各异，捕捉前需根据其特性调整队伍配置。需部分神兽的出现需要完成特定任务或触发隐藏剧情，玩家需耐心探索并收集相关线索。
捕捉神兽时，建议携带大量高级球、时间球或大师球，并提前削弱目标血量至红色状态。使用睡眠粉或麻痹粉等异常状态技能可显著提高捕捉成功率。合理利用属性克制和队伍搭配能有效降低战斗难度。神兽的加入将极大提升队伍实力，为后续挑战道馆和联盟奠定基础。
