五岛仓库的进入需要获取两段密码。第一段密码多多少少、少少多多可通过击败灯火山的火箭队成员获得，第二段密码大大小小、小小大大需在点之穴与澄夫对话后取得。这两组密码是开启仓库的关键，缺一不可。仓库内部分为三层结构，实际可探索区域为地下一楼、地下二楼及地下四楼，地下三楼并非火箭队据点。
进入仓库的具体路径为：首先前往游戏厅，通过楼梯抵达地下一楼，继续下行至地下二楼。此处会遇到一名火箭队成员，击败后上方会出现通往地下四层的通道。地下四层是核心区域，击败该层的守卫后可获得仓库钥匙。返回地下二层后，需通过右侧的传输带迷宫，出口处会再次遭遇火箭队成员，战胜后沿右侧楼梯下行即可找到红色电梯门。
抵达后向上行进，最终会遭遇一只强力宝可梦，击败它即可完成仓库探索。过程中需注意火箭队成员常使用中毒、混乱等干扰战术，建议携带万能恢复类道具。仓库内布局复杂，传输带区域容易迷失方向，建议优先记录关键路线。
若在灯火山未触发火箭队成员对话，或未完成点之穴的蓝宝石事件，将无法取得完整密码。五岛西侧的老爷爷会赠送一颗波克比的蛋，此支线剧情与仓库主线无直接关联，但可丰富游戏体验。仓库剧情结束后，需返回一岛交付宝石以解锁地区通讯功能。
